Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) telah melakukan penelitian di wilayah Papua dengan nama ekspedisi Wilayah Nusantara (EWIN). Penelitian dilakukan selama dua tahun di wilayah Raja Ampat, Papua Barat. Pada tahun 2007 penelitian dilakukan di Pulau Waigeo, sedangkan tahun 2008 di Pulau Batanta. Hasil penelitian di kedua pulau tersebut mengindikasikan tingginya tingkat endemisitas dan beberapa diantaranya merupakan jenis baru. Sekalipun penelitian di wilayah Papua banyak mendapatkan hasil yang menarik, namun sayangnya tidak dapat dilanjutkan. Beranjak dari hasil tersebut berhasil dijalin kerjasama penelitian dengan Conservation International (CI) Indonesia Marine Program. Penelitian dilakukan di 24 stasiun penelitian di wilayah perairan Kaimana, Papua Barat. Hasilnya sangat menarik, diperoleh 55 jenis ikan dari 20 familia, tujuh jenis diantaranya diperkirakan merupakan jenis baru